Zodra u uw Nintendo DS game of Nintendo DS Lite ingeschakeld hebt, worden de systeembestanden van de R4 DS cartridge geladen, op dezelfde manier als u gebruikt maakt van de M3 DS. Het duurt ongeveer 2 seconden vooraleer het hoofdmenu opgestart is, met het R4 DS-logo bovenaan het scherm, en het menu onderaan. Toch is de installatie eenvoudig. Dit proces omvat ook een handleiding.
Ten eerste, voert u de microSD-kaart in in de microSD-lezer / schrijver en sluit u hem aan op een USB-poort van uw computer. Het pop-up menu toont een draagbare schijf / flash drive. Nu, kunt u ofwel de software kopiëren van een cd, of u kunt naar de R4 DS firmware pagina gaan om de nieuwste drivers te downloaden, daar ze daar bijgewerkt worden. Zodra u de systeembestanden op de micro SD-kaart gekopieerd hebt, laadt u de games en de homebrew toepassingen. Dit werkt op dezelfde manier als met de M3 DS. Dan kopieert en plakt u de bestanden die u wilt van uw PC op de microSD-kaart. De games evenals de homebrew applicatie werkt zonder te corrigeren, te herstellen of te comprimeren. Nadat u de bestanden naar uw systeembestanden gekopieerd hebt, is het tijd om uw microSD-kaart in de sleuf aan de bovenkant van de R4 DS cartridge te steken. De R4 DS cartridge voor het Nintendo DS spel moet dezelfde grootte hebben als een standaard Nintendo DS of DS Lite spelcartridge.
